Alur cerita berputar tentang hubungan Nagabonar (Deddy Mizwar) dan Bonaga (Tora Sudiro) dalam suasana kehidupan anak muda metropolis. Bonaga, seorang pengusaha sukses, mendapat proyek pembangunan resort dari perusahaan Jepang. Sialnya, lahan yang diincar perusahaan Jepang tersebut tak lain adalah lahan perkebunan sawit milik ayahnya, Nagabonar. Maka Bonaga pun memboyong ayahnya ke Jakarta agar dia bisa membujuk Nagabonar menjual lahan tersebut.
Usaha Bonaga tak berhasil. Kekeraskepalaan Nagabonar untuk mempertahankan lahan perkebunan (di mana di sana juga terdapat makam istri, Ibu dan temannya si bengak Bujang) semakin menjadi-jadi ketika tahu calon pembeli tanahnya adalah perusahaan Jepang (yang masih dianggapnya penjajah).
Sementara Nagabonar dan Bonaga berusaha untuk saling memahami cara pandang dan nilai-nilai satu sama lain, tenggat waktu untuk Bonaga semakin mendekat.
Namun, pada akhirnya Bonaga membatalkan perjanjian tersebut, karena ia tahu ayahnya sebenarnya berat untuk menyetujui hal tersebut, ia tidak mau membuat ayahnya sedih, karena ia sangat menyayangi ayahnya.